短程分子蒸馏作为一种多用途的技术在很多方面都有应用，在精油加工过程中就有着重要的意义。其实由于有机化学的发展，人们在对植物精油的提取、成份分析等方面都取得了很大进步。除了传统的榨磨、水蒸汽蒸馏，溶剂浸提等方法外，一些新兴的提取分离手段，其中就包括有分子蒸馏技术。
       植物精油化学成分相当复杂，其中有很多有生物活性的化学物质，这些化合物都表现出沸点低且易挥发的特点。在短程分子蒸馏技术和毛细管气相色谱技术的应用和提高下，人们对精油的研究也越来越详细。
       但前提是要求我们对植物精油中香味物质化学成分有所了解，这样才能选择正确的方法进行提纯和加工，结果发现大多数精油中成分热稳定性差，分子量和极性组成复杂，若是采用常规的蒸馏或溶剂法很容易造成成分损失，破坏或带来影响感官的溶剂。这种情况下就只能采用短程分子蒸馏，它能克服以上缺陷，实现目标物质的分离。
       此外，短程分子蒸馏还可以用于合成或半合成香料物质或活性成分的提取，如从松油醇与酸的反应液中提取桉叶素，经过催化氢化；并且在氯甲基化和醚化的反应液中提取除虫菊酯类农药的杀虫增效剂胡椒基丁醚等。