一套完整的分子蒸馏设备包括了分子蒸发器、脱气系统、进料系统、加热系统、冷却真空系统和控制系统等。分子蒸发器的品种类型有很多，从而构成了多种不同的分子蒸馏装置。
　　早期时候出现的形式是降膜式分子蒸馏器，主要特点是结构简单，但由于液膜厚、效率差等弊端，已经很少使用了。该装置是采取重力作用，使蒸发面上的物料变为液膜降下的方式，将物料加热,蒸发物就可在相对方向的冷凝面上凝缩。
　　随着分子蒸馏装置及工艺的发展，刮膜式分子蒸馏装置研制成功，这种装置可以达到很高的分离效率，只是结构上没有降膜式分子蒸馏装置简单。为了使蒸发面上的液膜厚度小且分布均匀,在蒸馏器中设置了一硬碳或聚四氟乙烯制的转动刮板。
　　分子蒸馏装置中的这一刮板不但可以使下液层搅拌均匀，还可以加快蒸发面液层的更新，使得设备可以呈现出液膜厚度小,并且沿蒸发表面流动；被蒸馏物料在操作温度下停留时间短，热分解的危险性较小；生产能力大等优点。
　　当然，刮膜式分子蒸馏装置也有不足之处，就是液体分配装置很难完善，很难让蒸发表面都被液膜均匀覆盖。而且液体流动时常发生翻滚现象，所产生的雾沫也容易溅到冷凝面上。看来在分子蒸馏装置方面，还有很多有待完善的地方。